La science ouverte en pratique

Peer Community In propose une alternative aux revues scientifiques classiques pour organiser l’évaluation par les pairs. Les chercheuses et chercheurs s’organisent en communautés disciplinaires, dites PCI, qui évaluent de manière ouverte et certifient des préprints accessibles au public via des archives ouvertes telles que BiorXiv ou HAL. Si les auteurs le souhaitent, ils peuvent publier leur préprint recommandé dans la revue Peer Community Journal ou le soumettre à d’autres revues. Le dispositif est entièrement gratuit pour les auteurs et les lecteurs ; la plateforme est financée par des fonds publics.

Plusieurs communautés PCI sont aujourd’hui portées au sein des unités de recherche sous tutelle AgroParisTech.

• PCI Animal Science : PCI Animal Science recommande des préprints dans un large éventail de domaines de recherche appliqués à la science animale : génétique animale, élevage, croissance, etc.

En savoir plus / contribuer : https://animsci.peercommunityin.org/

Contact : Rafael Muñoz-Tamayo (MOSAR)

• PCI Ecotoxicology & Environmental Chemistry : Cette section de PCI couvre les interfaces de la chimie environnementale, de l’écologie et de la toxicologie environnementale. Elle comprend des articles dans le domaine de l’écotoxicologie, aquatique ou terrestre. Elle couvre également le devenir et le transport des produits chimiques dans l’environnement, leur transfert aux organismes vivants et dans les réseaux trophiques, et leurs effets à différents niveaux biologiques.

En savoir plus / contribuer : https://ecotoxenvchem.peercommunityin.org/

Contact : Christian Mougin (Ecosys)

• PCI Forest and Wood Sciences : Cette section de PCI couvre une grande diversité de champs thématiques en lien avec les sciences forestières et sciences du bois : biologie et physiologie des arbres, biologie du bois, interaction entre arbres et microorganismes, etc.

En savoir plus / contribuer : https://forestwoodsci.peercommunityin.org/

Contacts : Erwin Dreyer (SILVA) et Serge Garcia (BETA)

• PCI Nutrition : La section PCI Nutrition vient d’être acceptée par l’organisation PCI et accueillera ses premières soumissions pour recommandation à partir de l’automne 2024. Elle traitera des sujets liés à la santé des populations ainsi qu’aux comportements alimentaires. Les contributions liées aux protocoles de recherche en nutrition seront également présentées pour fournir une base méthodologique solide aux avancées futures dans le domaine.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2023 (AgroParisTech).

En savoir plus / contribuer :  https://peercommunityin.org/current-pcis/

Contact : Nicolas Darcel, Jean-François Huneau et Céline Cansell (UMR PNCA)

• PCI Plant: Actuellement en développement, cette section de PCI aura vocation à couvrir les sciences végétales, les organismes photosynthétiques ou encore la biologie des phototrophes, y compris les organismes photosynthétiques marins.

Contact : Grégory Mouille  (IJPB) ; Wojciech Nawrocki

Ouverture et reproductibilité au cœur du processus éditorial

Computo est une revue en libre accès qui promeut des contributions en statistiques et machine learning. Assurer la reproductibilité des résultats numériques est une condition nécessaire pour y publier. Chaque soumission doit inclure toutes les données nécessaires et les codes sources des logiciels utilisés, et les résultats être reproductibles grâce à l’utilisation de la programmation lettrée et de l’intégration continue. Pour les contributions proposant des implémentations de méthodes/algorithmes, la qualité du code fourni est évaluée lors de la relecture.

En savoir plus : https://computo.sfds.asso.fr/

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2023 (AgroParisTech).

Contact : Julien Chiquet (MIA Paris-Saclay)

Une revue de référence en modèle diamant

Éditée par AgroParisTech, la Revue forestière française est l’une des grandes publications en langue française consacrées principalement à la forêt tempérée et aux milieux naturels. Elle assure une liaison entre recherche et pratique, administration et gestion, progrès et diffusion des connaissances. Elle est publiée selon le modèle diamant, gratuit pour les auteurs et pour les lecteurs, en parallèle à une publication papier sur abonnement. Les numéros des années antérieures à 2015 sont consultables dans l’archive ouverte HAL-AgroParisTech.

En savoir plus : https://revueforestierefrancaise.agroparistech.fr/

Un ebook éducatif publié dans HAL

Avec Terrix City à la découverte de l’univers caché de votre assiette, les enfants de 6 à 12 ans découvrent les petits et grands gestes du quotidien pour un système alimentaire durable. L’e-book et les ressources associées (images, cartes à colorier, etc) ont été intégralement publiés dans HAL en français et en anglais.

Découvrir l’e-book : https://hal.science/hal-03586270

En savoir plus : https://www.agroparistech.fr/actualites/terrix-city-decouverte-face-cachee-votre-assiette

Contact : Agnès Lelièvre (SADAPT)

Un package R pour faciliter le suivi et l’analyse des données de HAL

ManagHAL est un package codé en R (langage de programmation et logiciel libre) permettant de procéder à des extractions automatiques des publications d’une unité depuis HAL et à leur réorganisation sous différents formats. Il permet d’avoir une vision de la diversité des collaborations de l’unité et de produire des rapports. Un travail est en cours pour développer des outils d’analyse de réseau et rendre l’application utilisable par d’autres structures. Il est déposé dans la forge institutionnelle d’INRAE et sera à terme publié et archivé dans Software Heritage.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2024 (AgroParisTech).

Contact : Julie Aubert, Pierre Barbillon (MIA Paris Saclay)

Structurer et ouvrir les données pour améliorer la durabilité des systèmes alimentaires

L’objectif du projet est de permettre la gestion et le partage des données sur les transformations des matières agricoles en aliments et bioproduits ainsi que sur leurs impacts environnementaux. Un écosystème d’outils centré autour d’une ontologie de référence a été développé pour la saisie et l’interrogation de données dans une base spécialisée, leur export vers l’entrepôt national Recherche Data Gouv ainsi que l’édition d’un vocabulaire contrôlé spécifique au domaine.

DataSusFood est un projet de recherche fondamentale coordonné par l’UMR SayFood. Il associe aussi la plateforme MEANS (UMR SAS) et la plateforme PLASTIC (département TRANSFORM d’INRAE), ainsi que l’UMR IATE, l’UMR MIA-Paris Saclay, l’UR BIA, le CSGA et l’UMR STLO.

Projet lauréat du prix national de la science ouverte 2023 (MESR), catégorie « Créer les conditions de la réutilisation »

En savoir plus : https://datasusfood.hub.inrae.fr

Contact : Caroline Pénicaud (Sayfood) ; Liliana Ibanescu (MIA Paris-Saclay) ; Stéphane Dervaux (MIA Paris-Saclay)

Ouvrir les données et les codes au service de la justice climatique

Ce projet s’intéresse à la distribution des impacts du changement climatique et à la vulnérabilité socio-économique des personnes impactées. Les inégalités climatiques déterminent, entre autres, la capacité de la population à s’adapter aux effets du changement climatique et à les atténuer. Le projet s’inscrit dans une démarche volontaire de science ouverte avec la mise à disposition du code et des données, et le développement d’un site web pour en faciliter la visualisation et la réutilisation en dehors du monde académique.

Données : https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataverse/JUICCE

Codes sources : https://gitlab.dsi.universite-paris-saclay.fr/juicce

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2024 (AgroParisTech).

Contact : Améline Vallet (Cired)

• Comment développer de nouvelles modalités de publication ? L’exemple de Peer Community In. RafaelMuñoz-Tamayo (UMR MOSAR)
• Comment publier en accès ouvert des recherches impliquant des codes sources ? L’exemple de la revue Computo. Mathurin Massias (INRIA) et Julien Chiquet (UMR MIA Paris Saclay)
• Comment publier ses données de recherche ? L’exemple du dépôt dans Recherche Data Gouv. Améline Vallet (UMR ESE)
• Comment ouvrir son processus de recherche à différents publics ? L’exemple d’un projet en sciences de la nutrition utilisant des méthodes de recherche participative. Nicolas Darcel et Léonie Brière (UMR PNCA)

• Publier ses recherches avec Peer Community In - Masoomeh Taghipoor (UMR MOSAR)
• Publier un data paper - Caroline Pénicaud (UMR Sayfood)
• Gestion et ouverture des données de la recherche à EcoFoG - Gaëlle Jaouen (UMR ECOFOG)
• Publier ses données dans Recherche Data Gouv – Marie Debacq (vidéo) (UMR Sayfood)
• Rendre sa recherche reproductible avec Git et R - Blanche Collard (UMR ESE) et Corentin Barbu (UMR Agronomie)
• Intégrer une démarche participative en sciences de la nutrition - Nicolas Darcel et Léonie Brière (UMR PNCA)
• Intégrer une démarche participative en sciences de l’environnement : le projet Birdlab - Carmen Bessa Gomes et François Chiron (UMR ESE)