Journées science ouverte d’AgroParisTech et de la GS Biosphera

13h30-14h : Accueil café

14h -17h30 : « La science ouverte dans le cycle de vie d’un projet de recherche »

Eva Legras, Gaëlle Jaouen, David Gasparotto, Grégoire Burgé, Mélanie Lavoignat (AgroParisTech)

Cette intervention à plusieurs voix vise à comprendre les principes, enjeux et problématiques liés au concept de science ouverte dans le cadre d’une activité de recherche publique ; elle suivra, étape par étape, les différents moments d’un projet de recherche pour quand et selon quelles modalités s’appliquent les principes de la science ouverte. L’interaction avec l’innovation et les relations sciences et société seront également abordées.

• Inscription agents au lundi 7 avril
• Inscription doctorants au lundi 7 avril

09h-13h : Séminaire « Scientific Publishing: publication models, scientific integrity & open science »

The training will cover different topics related to scientific publishing. The program is:

• 9:00 – 9:10 Introduction.
  Etienne Augé. Université Paris-Saclay
• 9:10 – 9:50 The publication landscape and the different publication models.
  Eva Legras. AgroParisTech
• 9:50 – 10:30 Predatory journals.
  Amandine Lustrement. Université Paris-Saclay
• 10:30 – 10:50 Coffee break
• 10:50 – 11:30 The life of a journal told by an Editor In Chief.
  Sophie Nadot. Laboratoire ESE, Université Paris-Saclay
• 11:30 – 12: 10 The strain on scientific publishing.
  Paolo Crosetto. Univ. Grenoble Alpes, INRAE, CNRS, Grenoble INP, GAEL
• 12:10 – 12:50 The Peer Community In project.
  Denis Bourguet/Thomas Guillemaud

• Inscription agents à la matinée du 8 avril
• Inscription doctorants à la matinée du 8 avril

13h-14h30 : Buffet (Canopée)

14h30-16h : Table ronde « Peer Community In : un renouveau de l’édition scientifique ? »

Thomas Guillemaud et Denis Bourguet (fondateurs de PCI), Céline Cansell (PCI Nutrition), Alicia Jacques (ancienne doctorante ABIES) ; animation : Pierre Larraufie (directeur de l’école doctorale ABIES et chercheur MICALIS)

16h-16h30 : Pause café

16h30-18h : Retours d’expérience de revues en accès ouvert : comment proposer de nouveaux modèles de publication en science ouverte ? Comment faire vivre une revue dans une logique non commerciale ?

• 16h30-16h45 : Data & Corpus (Episciences)
  Julien Muller (Université de Lorraine)
• 16h45-17h00 :  Computo -
  Julien Chiquet (INRAE)
• 17h00-17h15 : Activités (OpenEdition) -
  Marianne Cerf (INRAE)
• 17h15-18h : Questions / Réponses - échanges

• Inscription à l’après-midi agents
• Inscription à l’après-midi doctorants

09h-13h : « Gestion et ouverture des données de la recherche en sciences du vivant et de l’environnement »

Gaëlle Jaouen, Eva Legras, Romuald Lorthioir, David Gasparotto (AgroParisTech)

• Cadre général relatif aux données de la recherche : définition, statut juridique et réglementaire, enjeux liés à l’ouverture et à la confidentialité
• Questions, enjeux et pratiques à intégrer dans le déroulé d’un projet de recherche : plan de gestion de données, stratégie de stockage, ouverture et publication, etc.

• Inscription agents à la matinée du 9 avril
• Inscription doctorants à la matinée du mercredi 9 avril

13h-14h30 : Buffet

14h30-16h00 : Retours d’expérience : Gestion et ouverture des données :

• 14h30-15h : Organiser la gestion des données d’une infrastructure – Observatoire pour l’économie de la forêt
  Alexandra Niedzwiedz, UMR BETA
• 15h-15h30 : Organiser une méthode de stockage pour un projet avec le Mésocentre de l’Université Paris Saclay
  Améline Vallet, UMR Cired et Nicolas Legrand, Université Paris-Saclay
• 15h30-16h00 : Organiser la réutilisation des données : Data paper et consultation des données à TETIS
  Rémy Decoupes, UMR TETIS

Pause : 16h-16h30

16h30-17h30 : Retours d’expérience : Valorisation de la recherche et des données :

• 16h30-16h45 : Développement d’application web en recherche
  Corentin Barbu (UMR Agronomie)
• 16h45-17h : Data paper, méta analyse et data visualisation
  Pierre-Emmanuel Robert (UMR MOSAR)
• 17h-17h30 : Q/R – Échanges

• Inscription agents à l’après-midi du 9 avril
• Inscription doctorants à l’après-midi du mercredi 9 avril

• 09h-10h : Introduction
• 10h-12h30 : Ateliers
• 12h30-14h : Buffet (Canopée)
• 14h-17h30 : Ateliers

Programme détaillé à venir !

• Inscription agents à la Data Party
• Inscription doctorants : adum ?

• 09h30-13h - Salle C1.0.15
  Atelier 1  - Rédiger le Plan de Gestion de Données d’un projet  (10 places)     

Gaëlle Jaouen et Eva Legras (AgroParisTech)

Á partir d’un exemple concret de projet de recherche, l’atelier aura pour objectif de rédiger collectivement un plan de gestion de données. Au cours de l’exercice, les différentes dimensions relatives à la gestion et l’ouverture des données dans toutes leurs dimensions (réglementaire, informatique, etc.) seront abordées. Le suivi de la partie théorique (mercredi 09 avril matin) est obligatoire pour s’inscrire à cet atelier.

• Inscription atelier 1 agents
• Inscription atelier 1 doctorants

• 10h-12h - Salle C1.0.20
  Atelier 2 - Rendre sa recherche reproductible avec Git et R (10 places)

Blanche Collard (UMR ESE)

Cet atelier permettra de découvrir l’intérêt du versionnage des scripts pour les utilisateurs de R et les bonnes pratiques associées pour améliorer la reproductibilité des analyses faites avec ce logiciel.
Programme complet à venir.

• Inscription atelier 2 agents
• Inscription atelier 2 doctorants

• 10h-13h - Salle C1.0.21
  Atelier 3 - Développer des applications web en recherche à destination de différents publics (10 places)

Corentin Barbu (UMR Agronomie)

Que ce soit pour rendre accessibles des données de recherche ou pour publier un outil d’aide à la décision, il existe aujourd’hui des outils et services internet simples que nous vous proposons de découvrir au travers d’un cas concret, la mise en ligne du site https://ccexplorer.eu. 

Programme

• 1h - présentations des possibilités de mise en ligne suivant la complexité du projet et le public visé
• 1h - atelier : application minimaliste fonctionnant en local 
• 1h - atelier : mise en ligne de l’application minimaliste sur un serveur 
• Public visé : personnes à l’aise en programmation (notamment R) et souhaitant mettre sur internet des résultats de recherche tels que de la visualisation de données ou des outils d’aide à la décision.   
• Prérequis : A l’aise avec la programmation en R, pas de contre-indications à la ligne de commande, notamment sous linux. La connaissance de git est un plus.
• Venir avec un ordinateur et si possible un projet

 Outils explorés

• R shiny (applications web)
• Rmarkdown (documents web interactifs)
• plumber (API sous R)
• REDIS (base de données noSQL)
• git
• docker compose
• docker swarm
• nginx, traefik
• règles de sécurité (firewall, ssh, file2ban, …)

Services présentés

• hébergement institutionnel, Shiny ou hébergeur privé (OVH)
• noms de domaines et DNS (institutionnels ou OVH)

• Inscription atelier 3 agents
• Inscription atelier 3 doctorants

• 10h-12h30 - Salle C1.0.23
  Atelier 4 - Ouvrir ses publications et les déposer dans HAL (15 places)

Aurélien Arnoux et Clarisse Mouflette (AgroParisTech)

Présentation introductive : évolutions de l’édition scientifique ; les différentes modalités de publication en accès ouvert ; le contexte de la science ouverte ; la loi pour une république numérique ; HAL
Présentation / démonstration en direct et mise en pratique de l’archive ouverte HAL : déposer une publication, rechercher une publication, créer son identifiant chercheur idHAL
Questions/réponses, temps d’échange.

• Inscription atelier 4 agents
• Inscription atelier 4 doctorants